山口　敦子 (ヤマグチ　アツコ,YAMAGUCHI Atsuko)

基本情報	研究分野	研究業績	教育業績	社会貢献業績

論文
No.	論文タイトル	誌名(出版物名)	巻	号	開始ページ	終了ページ	出版年月	DOI	査読の有無
1	Ontology-based expansion of virtual gene panels to improve diagnostic efficiency for rare genetic diseases	BMC Medical Informatics and Decision Making	3415		87	91	2025年02月05日	https://doi.org/10.1186/s12911-025-02910-21	査読有り
2	A semantic design for the biological processes associated with intrinsically disordered proteins.	SWAT4HCLS			202	203	2024年		査読有り
3	Extracting Long COVID Knowledge from LitCovid: A Glossary-Based Approach.	16th IIAI International Congress on Advanced Applied Informatics(IIAI-AAI)			27	30	2024年	https://doi.org/10.1109/IIAI-AAI63651.2024.000141
4	Proceedings of the Workshop, Poster and Demonstration Sessions at IJCKG 2023 co-located with 12th International Joint Conference on Knowledge Graphs (IJCKG 2023), Tokyo, Japan, December 8-9, 2023.	IJCKG (Workshop/Poster/Demo)	3659				2024年
5	A Comparative Study on Storing and Retrieval of URIs for Life Sciences Databases	CEUR Workshop Proceedings	3659				2023年11月		査読有り
6	14th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4HCLS 2023), Basel, Switzerland, February 13-16, 2023.	SWAT4HCLS	3415				2023年
7	Advances in the development of PubCaseFinder, including the new application programming interface and matching algorithm.	Human mutation					2022年02月10日	https://doi.org/10.1002/humu.243411	査読有り
8	Gene Ranking based on Paths from Phenotypes to Genes on Knowledge Graph.	IJCKG 21			131	134	2021年12月	https://doi.org/10.1145/3502223.35022401	査読有り
9	O-JMeSH: creating a bilingual English-Japanese controlled vocabulary of MeSH UIDs through machine translation and mutual information	Genomics & Informatics					2021年09月30日	https://doi.org/10.5808/gi.210141	査読有り
10	Constructing Japanese MeSH term dictionaries related to the COVID-19 literature	Genomics & Informatics					2021年09月30日	https://doi.org/10.5808/gi.210121	査読有り
11	A proof-of-concept study of extracting patient histories for rare/intractable diseases from social media.	Genomics & informatics	18	2			2020年06月30日	https://doi.org/10.5808/gi.2020.18.2.e171	査読有り
12	Investigating schema definitions using RDFS and OWL 2 for RDF databases in life sciences	Communications in Computer and Information Science	1157 CCIS		137	144	2020年	https://doi.org/10.1007/978-981-15-3412-6_141	査読有り
13	BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research	F1000Research	9				2020年	https://doi.org/10.12688/f1000research.18236.11	査読有り
14	BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services	F1000Research	8				2019年09月	https://doi.org/10.12688/f1000research.18238.11	査読有り
15	Semantic Integration of Intrinsically Disordered Proteins and Existing DBs.	SWAT4HCLS 2019			147	148	2019年		査読有り
16	Reconstruction of Hierarchical Structures in a Thesaurus-based Ontology through Curation by Domain Experts.	ICBO 2019			1	1	2019年		査読有り
17	Split4Blank: Maintaining consistency while improving efficiency of loading RDF data with blank nodes	PLoS ONE	14	6	e0217852		2019年	https://doi.org/10.1371/journal.pone.02178521	査読有り
18	Finding RDF Data you need by Umaka Suite.	SWAT4HCLS 2019			157	158	2019年		査読有り
19	UmakaData Extension: Toward Realization of a Practical SPARQL Endpoint Discovery Service for Life Sciences.	SWAT4HCLS 2019			151	152	2019年		査読有り
20	YummyData: Providing high-quality open life science data	Database	2018	2018		022	2018年	https://doi.org/10.1093/database/bay0221	査読有り
21	Implementing LOD surfer as a search system for the annotation of multiple protein sequence alignment	Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)	11341 LNCS		418	426	2018年	https://doi.org/10.1007/978-3-030-04284-4_291	査読有り
22	LOD Surfer API: A Web API for LOD Surfing Using Class-Class Relationships in Life Sciences	CEUR Workshop Proceedings	2042				2017年		査読有り
23	Semantic graph analysis for federated LOD surfing in life sciences	Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)	10675		268	276	2017年	https://doi.org/10.1007/978-3-319-70682-5_181	査読有り
24	The health care and life sciences community profile for dataset descriptions	PEERJ	4	8			2016年08月	https://doi.org/10.7717/peerj.23311	査読有り
25	Umaka-Yummy Data: Where providers and consumers in life sciences communicate with each other	CEUR Workshop Proceedings	1741		50	53	2016年		査読有り
26	SPARQL builder: Constructing SPARQL query by traversing class{Class relationships for life science databases	CEUR Workshop Proceedings	1741		58	61	2016年		査読有り
27	Umaka-Yummy data: A place to facilitate communication between data providers and consumers	CEUR Workshop Proceedings	1795				2016年		査読有り
28	Semantic data acquisition by traversing class–class relationships over linked open data	Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)	10055		136	151	2016年	https://doi.org/10.1007/978-3-319-50112-3_111	査読有り
29	SPARQL query construction with monitoring service for endpoints	CEUR Workshop Proceedings	1795				2016年		査読有り
30	Efficiently finding paths between classes to build a SPARQL query for life-science databases	Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)	9544		321	330	2016年	https://doi.org/10.1007/978-3-319-31676-5_241	査読有り
31	Data acquisition by traversing class-class relationships over the linked open data	CEUR Workshop Proceedings	1690				2016年		査読有り
32	Dynamic join order optimization for SPARQL endpoint federation	CEUR Workshop Proceedings	1457		48	62	2015年		査読有り
33	An intelligent SPARQL query builder for exploration of various life-science databases	CEUR Workshop Proceedings	1279				2015年		査読有り
34	RDF-based integration with SPARQL building system for Life Science Database Archive	CEUR Workshop Proceedings	1546		195	196	2015年		査読有り
35	Semantic Web technologies for the big data in life sciences	BIOSCIENCE TRENDS	8	4	192	201	2014年08月	https://doi.org/10.5582/bst.2014.010481	査読有り
36	Semantic Web technologies for the big data in life sciences	BIOSCIENCE TRENDS	8	4	192	201	2014年08月	https://doi.org/10.5582/bst.2014.010481	査読有り
37	BioBenchmark Toyama 2012: an evaluation of the performance of triple stores on biological data	JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS	5	1			2014年07月	https://doi.org/10.1186/2041-1480-5-321	査読有り
38	TogoTable: cross-database annotation system using the Resource Description Framework (RDF) data model	NUCLEIC ACIDS RESEARCH	42	W1	W442	W448	2014年07月	https://doi.org/10.1093/nar/gku4031	査読有り
39	Chemical compound complexity in biological pathways	Quantitative Graph Theory: Mathematical Foundations and Applications			471	492	2014年	https://doi.org/10.1201/b176451	査読有り
40	BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains.	Journal of biomedical semantics	5	1			2014年	https://doi.org/10.1186/2041-1480-5-51	査読有り
41	Prototype implementation of SPARQL Builder for Life-science Databases by intelligent schema analysis on RDF datasets	CEUR Workshop Proceedings	1320				2014年		査読有り
42	Building Linked Open Data towards integration of biomedical scientific literature with DBpedia	JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS	4	1			2013年03月	https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-81	査読有り
43	The 3rd DBCLS BioHackathon: improving life science data integration with Semantic Web technologies	JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS	4	1			2013年02月	https://doi.org/10.1186/2041-1480-4-61	査読有り
44	Discriminative application of string similarity methods to chemical and non-chemical names for biomedical abbreviation clustering	BMC GENOMICS	13				2012年06月	https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-S3-S81	査読有り
45	生命科学分野のデータベース統合化に向けた略語データベースの公開	人工知能学会全国大会論文集	2012	0	3C2OS13b4	3C2OS13b4	2012年	https://doi.org/10.11517/pjsai.JSAI2012.0_3C2OS13b41
46	Building linked open data using approximate string matching methods and domain specific resources	ACM International Conference Proceeding Series			121	122	2012年	https://doi.org/10.1145/2166896.21669271	査読有り
47	The 2nd DBCLS BioHackathon: interoperable bioinformatics Web services for integrated applications.	Journal of biomedical semantics	2	1	4	4	2011年08月02日	https://doi.org/10.1186/2041-1480-2-41	査読有り
48	Discriminative optimization of string similarity and its application to biomedical abbreviation clustering	Proceedings - 10th International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA 2011	2		72	77	2011年	https://doi.org/10.1109/ICMLA.2011.581	査読有り
49	Discriminative Application of String Similarity Methods to Chemical and Non-chemical Names for Biomedical Abbreviation Clustering	2011 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE (BIBM 2011)	13 Suppl 3		544	549	2011年	https://doi.org/10.1109/BIBM.2011.981	査読有り
50	Allie: A database and a search service of abbreviations and long forms	Database	2011				2011年	https://doi.org/10.1093/database/bar0131	査読有り
51	Discriminative Application of String Similarity Methods to Chemical and Non-chemical Names for Biomedical Abbreviation Clustering	2011 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE (BIBM 2011)			544	549	2011年	https://doi.org/10.1109/BIBM.2011.981	査読有り
52	The DBCLS BioHackathon: standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows	Journal of biomedical semantics 1 (1), 8	1	1	1	19	2010年12月		査読有り
53	The DBCLS BioHackathon: standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows. The DBCLS BioHackathon Consortium*.	Journal of biomedical semantics	1	1	8	8	2010年08月21日	https://doi.org/10.1186/2041-1480-1-81	査読有り
54	Natural Language Query Processing for Life Science Knowledge Position Paper	ACTIVE MEDIA TECHNOLOGY	6335		158	+	2010年	https://doi.org/10.1007/978-3-642-15470-6_171	査読有り
55	Visualization of Genetic Networks: Edge Crossing Minimization of a Graph Drawing with Vertex Pairs	Res. Commun. Biochem. Cell & Mol. Biol.	14		5	14	2009年		査読有り
56	A probabilistic model for mining labeled ordered trees: Capturing patterns in carbohydrate sugar chains	IEEE TRANSACTIONS ON KNOWLEDGE AND DATA ENGINEERING	17	8	1051	1064	2005年08月	https://doi.org/10.1109/TKDE.2005.1171	査読有り
57	Finding the maximum common subgraph of a partial k-tree and a graph with a polynomially bounded number of spanning trees	INFORMATION PROCESSING LETTERS	92	2	57	63	2004年10月	https://doi.org/10.1016/j.ipl.2004.06.0191	査読有り
58	Application of a new probabilistic model for recognizing complex patterns in glycans	BIOINFORMATICS	20	SUPPL. 1	6	14	2004年08月	https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth9161	査読有り
59	KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher): a software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains	NUCLEIC ACIDS RESEARCH	32	WEB SERVER ISS.	W267	W272	2004年07月	https://doi.org/10.1093/nar/gkh4731	査読有り
60	Managing and analyzing carbohydrate data	SIGMOD RECORD	33	2	33	38	2004年06月		査読有り
61	Efficient tree-matching methods for accurate carbohydrate database queries.	Genome informatics. International Conference on Genome Informatics	14		134	143	2003年		査読有り
62	Mining biologically active patterns in metabolic pathways using microarray expression profiles.	SIGKDD Explor.	5	2	113	121	2003年	https://doi.org/10.1145/980972.9809861
63	Statistical Significance of Tree Similarity Scores	Genome Informatics	14		579	580	2003年	https://doi.org/10.11234/gi1990.14.5791
64	Finding the maximum common subgraph of a partial k-tree and a graph with a polynomially bounded number of spanning trees	ALGORITHMS AND COMPUTATION, PROCEEDINGS	2906		58	67	2003年		査読有り
65	An approximation algorithm for the two-layered graph drawing problem	Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)	1627		81	91	1999年	https://doi.org/10.1007/3-540-48686-0_81	査読有り

MISC
No.	MISCタイトル	誌名	巻	号	開始ページ	終了ページ	出版年月(日)
1	LOD Surfer:クラス間関係に基づく連合検索を利用したLOD探索	人工知能学会全国大会(Web)	34th				2020年
2	質の高い生命科学Linked Data利用基盤の構築に向けて	人工知能学会全国大会(Web)	33rd				2019年
3	LOD Surfer API: クラス間関係に基づく LOD 探索のためのウェブ API	人工知能学会全国大会論文集	2018	0	2Z203	2Z203	2018年
4	より良い生命科学データ利用環境の構築を目指して	人工知能学会全国大会論文集(CD-ROM)	31st				2017年
5	SPARQL生成支援のためのRDFグラフ構造解析技術の開発	人工知能学会全国大会論文集(CD-ROM)	30th				2016年
6	効率の良い横断検索を実現するためのメタデータ収集・集積システム	人工知能学会全国大会論文集(CD-ROM)	30th				2016年
7	生命科学分野のデータベース統合化に向けた略語データベースの公開 (人工知能学会全国大会(第26回)文化,科学技術と未来) -- (オーガナイズドセッション「OS-13 Linked Dataとオントロジー」)	人工知能学会全国大会論文集	26		1	4	2012年
8	再利用性を高めるためにRDFを用いて生命科学分野のデータベースを構築する	日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)	35th				2012年
9	DBCLS Galaxy:生物データ解析,共有,公開のためのウェブフレームワーク	生化学					2010年
10	DBCLS Galaxy:生物データ処理の対話的ツール組み台わせインタフェイス	日本分子生物学会年会講演要旨集	32nd	Vol.2			2009年
11	ライフサイエンス統合データベースプロジェクト	日本糖質学会年会要旨集	28th				2008年
12	ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの課題と成果	生化学					2007年
13	2部グラフ描画問題に対する近似アルゴリズム	情報処理学会論文誌	40	10	3629	3637	1999年10月15日
14	2部グラフ描画に対する近似アルゴリズム	情報処理学会研究報告アルゴリズム（AL）	1998	78	33	40	1998年09月16日

受賞
No.	受賞年月	授与機関	賞名	(対象業績)タイトル
1	2015年11月		Best In-Use Paper for 5th Joint International Semantic Technology Conference	"Efficiently finding paths between classes to build a SPARQL query for life-science databases"
2	2001年05月	情報処理学会	平成12年度情報処理学会論文賞	「2部グラフ描画問題に対する近似アルゴリズム」
3	1994年		第7回「回路とシステム」軽井沢ワークショップ奨励賞	"A parallel approximation algorithm for the minimum common supertree problem"

共同研究・競争的資金等の研究課題
No.	提供機関	制度名	課題名等	資金種別	研究期間
1	日本学術振興会	科学研究費助成事業	深層学習モデルで解き明かす発達性てんかん性脳症と脳形成異常の遺伝素因と画像診断		2024年04月 - 2027年03月
2	日本学術振興会	科学研究費助成事業	国際共有を前提とした症例情報統合化技術の開発		2023年04月 - 2026年03月
3	日本学術振興会	科学研究費助成事業	生命科学分野の大規模知識グラフからの構造獲得とそれに基づく効率的知識取得		2021年04月 - 2026年03月
4	日本学術振興会	科学研究費助成事業	生命科学データの分散知識統合基盤に資する安定かつ高速な連合検索		2017年04月 - 2020年03月
5	日本学術振興会	科学研究費助成事業	生体内化合物の効率的な比較、探索、発見アルゴリズムの開発		2004年 - 2004年
6	日本学術振興会	科学研究費助成事業	生体高分子と結合する低分子化合物の効率的な比較、探索、発見アルゴリズムの開発		2003年 - 2003年